Comment la science prévoit de ramener le tigre de Tasmanie de l'extinction

Il existe de nombreuses raisons pour lesquelles des plantes et des animaux disparaissent, mais dans le cas du thylacine d'Australie, également connu sous le nom de tigre de Tasmanie, cela est dû à une simple intervention humaine. L'animal, qui pouvait atteindre 2 mètres de long, queue incluse, n'était pas du tout un tigre, mais un marsupial carnivore qui, comme les kangourous, élevait ses petits dans une poche. Le surnom de tigre vient du fait que la créature avait une série de rayures sombres sur le dos, bien que sa physionomie générale ressemble davantage à un loup – d'où l'autre surnom de la créature, le loup de Tasmanie.

Au début du XXe siècle, le thylacine avait disparu sur le continent australien, mais restait sur l'île de Tasmanie, où il était considéré comme une menace pour les agriculteurs et leur bétail. Ainsi, le gouvernement de Tasmanie a versé des primes aux trappeurs et aux chasseurs, ce qui a effectivement conduit l’espèce à l’extinction. Le tout dernier tigre de Tasmanie serait mort dans un zoo de Hobart, la capitale de la Tasmanie, en 1936.

Depuis, de nombreuses allégations font état d'observations de tigres de Tasmanie sur l'île, et même des projets de recherche ont été mis en place pour tenter de déterminer si l'animal mystérieux habite toujours quelque part en Tasmanie. Malgré ces efforts, le thylacine reste officiellement éteint. Mais les scientifiques travaillent sur une solution à ce problème.

Les efforts visant à sauver le tigre de Tasmanie de l'extinction sont en cours depuis un certain temps. En 2000, le paléontologue et alors directeur du Musée australien, Mike Archer, a annoncé son intention de cloner le thylacine en utilisant l'ADN extrait d'un spécimen conservé – provoquant des réactions incrédules de la part de nombre de ses pairs. Le projet visait à produire un véritable tigre de Tasmanie d'ici 10 ans, mais des problèmes de financement et la découverte que l'ADN du thylacine a été contaminé par l'ADN humain ont empêché ce projet ambitieux d'atteindre son objectif.

Mais le projet a franchi des étapes importantes dans l’effort global visant à ressusciter le tigre de Tasmanie. Dans le cadre de leur travail, l'équipe d'Archer a réussi à extraire des gènes des spécimens avec lesquels ils travaillaient, contribuant ainsi à un effort plus vaste visant à reconstruire le code génétique du thylacine.

Depuis que le projet d'Archer s'est terminé sans produire de tigre de Tasmanie, de nouveaux efforts ont été déployés pour ramener l'animal légendaire dans son pays natal.

De nombreuses organisations luttent pour prévenir l’extinction des animaux, mais il existe également des groupes qui cherchent à inverser complètement l’extinction. L’une d’elles est Colossal Biosciences, qui se décrit comme une entreprise engagée dans la lutte contre l’extinction – et potentiellement contre l’extinction. En 2022, l’entreprise a annoncé son projet de désextinction du thylacine, qui visait essentiellement à redonner vie au carnivore et à le ramener dans sa Tasmanie natale. En utilisant comme référence des échantillons de thylacine bien conservés, Colossal visait à reconstruire un génome complet de tigre de Tasmanie – l’ensemble des instructions ADN trouvées dans une cellule. En plus de réaliser ce qui serait un exploit scientifique remarquable en ressuscitant cette créature disparue, le projet vise également à contribuer à renforcer l’écosystème local en luttant contre la perte de biodiversité qui peut être gravement affectée en cas d’extinction d’un élément de la chaîne alimentaire.

En octobre 2024, Colossal Biosciences a révélé avoir réalisé une avancée majeure dans ses efforts pour ressusciter le thylacine. La société a annoncé avoir réussi à créer une version du génome du thylacine précise à plus de 99,9 %. Dans un communiqué de presse, Colossal a qualifié cette avancée de « record », expliquant comment son génome de thylacine a été construit « au niveau des chromosomes ». Le défi sera désormais pour les scientifiques de trouver les 45 pièces manquantes restantes, qui, selon Colossal, seront comblées dans quelques mois grâce à davantage d'efforts de séquençage.

Comment exactement Colossal a-t-il pu créer une version aussi précise du génome du thylacine ? Tout dépend de l'existence de spécimens bien conservés, que les scientifiques ont pu utiliser comme point de référence. L'acide désoxyribonucléique (ADN) et l'acide ribonucléique (ARN) contiennent tous deux des informations génétiques, mais la plupart des spécimens d'animaux disparus n'en contiennent pas suffisamment pour être utiles lorsqu'il s'agit de reconstruire un génome. L’ARN en particulier est beaucoup moins stable que l’ADN, ce qui le rend beaucoup plus difficile à trouver dans les spécimens historiques préservés. De plus, comme le souligne Colossal dans son communiqué de presse, l'ARN varie au sein de chaque tissu, alors que l'ADN est le même dans presque tous les noyaux de toutes les cellules du corps.

Dans le cas du thylacine, cependant, Colossal a capitalisé sur les longues séquences d’ADN exceptionnellement bien conservées des spécimens dont ils disposaient. Peut-être plus important encore, le groupe a pu trouver de longues molécules d'ARN dans les tissus mous préservés d'un tigre de Tasmanie âgé de 110 ans, en particulier une tête de thylacine adulte complète qui avait été écorchée et conservée dans de l'éthanol. Colossal a donc pu prélever l’ARN de plusieurs tissus, notamment la langue, la cavité nasale, le cerveau et les yeux. Cela a permis aux scientifiques de comprendre le goût et l’odeur du thylacine, ainsi que d’avoir un aperçu de sa vision et de ses fonctions cérébrales.

En plus de construire une version remarquablement complète du génome du thylacine, les scientifiques comparent également le génome de la bête disparue à celui des loups et des chiens afin d'identifier des aspects spécifiques qui diffèrent de ceux des autres espèces. En particulier, l'équipe Colossal vise à déterminer les gènes qui produisent la forme distincte de la mâchoire et du crâne du thylacine en comparant les génomes du thylacine, du loup et du chien et en identifiant les zones des génomes qui évoluent plus rapidement, qu'ils appellent « Thylacine ». Wolf Accelerated Regions » ou TWAR dans leur communiqué de presse.

Ceux-ci ont ensuite été utilisés pour mener des expériences sur des souris qui ont prouvé que les TWAR étaient effectivement responsables de la morphologie spécifique du crâne et de la mâchoire. En fin de compte, ces traits génétiques ont été modifiés dans les cellules d'un dunnart à grosse queue, un marsupial ressemblant à une souris qui est le plus proche parent vivant du thylacine. C’est là qu’intervient la technologie CRISPR, qui revient essentiellement à utiliser des ciseaux moléculaires pour éditer l’ADN. Colossal prévoit d'utiliser à l'avenir des dunnarts à grosse queue comme substituts pour les embryons de thylacine qui contiennent ces génomes modifiés.

L'utilisation de dunnarts pour héberger des génomes de thylacines modifiés pose son propre ensemble de défis uniques, les scientifiques devant développer une méthode pour induire l'ovulation chez un dunnart, leur permettant de contrôler le moment où l'animal entre en chaleur. Les œufs ainsi produits seront ensuite utilisés pour créer de nouveaux embryons, qui hébergeront à terme les génomes de thylacines modifiés.

Parallèlement à ce processus d'induction de l'ovulation, Colossal a également pu prélever des embryons unicellulaires fécondés et les maintenir dans un utérus artificiel jusqu'à la moitié de la grossesse, soit plus longtemps que toute autre tentative de croissance d'embryons marsupiaux dans un utérus artificiel.

À mesure que ces efforts deviennent de plus en plus sophistiqués, la perspective de sortir le tigre de Tasmanie de l’extinction devient de plus en plus réaliste. Ce qui, si l'on considère qu'il y a à peine 20 ans de nombreux scientifiques se moquaient des projets de Mike Archer en ce sens, constitue en soi un exploit important.